醫院污水（包括生物制品、屠宰廢水等）中不同程度地含有多種病毒、病菌、寄生蟲卵和一些有毒、有害物質。如不經過消毒，這些病毒、病菌和寄生蟲卵在環境中將引起多種疾病的發生和蔓延，嚴重威脅人類的身體健康。因此，醫院污水的消毒是醫院污水處理中關鍵的一步。
《污水綜合排放標準》（GB8978-1996）中規定：醫院污水消毒處理后，應達到下列標準：
污染物 適用范圍 一級標準 二級標準 三級標準
糞大腸菌群數 醫院、獸醫院及醫療機構含病原體污水 500個/L 1000個/L 5000個/L
傳染病、結核病醫院污水 100個/L 500個/L 1000個/L
總余氯 醫院、獸醫院及醫療機構含病原體污水 <0.5mg/L* ＞3mg/L(接觸時間不小于1h) ＞2mg/L(接觸時間不小于1h)
傳染病、結核病醫院污水 ＜0.5mg/L* ＞6.5mg/L(接觸時間不小于1.5h) ＞5mg/L(接觸時間不小于1.5h)
國內醫院使用的消毒劑以二氧化氯、液氯、次氯酸鈉為主。液氯雖然價格較低，但易泄露、安全性較差，在人群密集的醫院不易使用。次氯酸鈉發生器雖然無安全隱患，但其設備造價高，關鍵部件易損壞，體積大，電耗，鹽耗都高，實際運行費用遠遠超過其理論估算值。二氧化氯發生器以化學法制取結構簡單，運行可靠，費用低，基本無故障。除對普通菌類有極強的殺滅效果外，還能對耐氯性極強的病毒，芽孢及水路系統中的異養菌都有很好的消毒效果。二、工藝流程（醫院污水處理工藝圖）三、設計參數 在醫院污水的設備選型中要依據以下三個參數：日排水量、提升泵流量、每噸污水消毒劑投加量來確定設備型號。
日排水量按以下參考數計算：大于500張病床以上的醫院，平均污水量按1200L/床/d左右。經計算可得出日排水量。消毒劑投加量25克-30克/噸，傳染病醫院適當加大。 由于設計工藝不同和每家醫院所選擇處理污水的工作時間長短不一（一般4-8小時/天）。所以提升泵的最大排水量也不同，同樣污水量所選工作時間越短，提升泵流量越大加藥量也越大。設備選型也相應增大。 在某些地區對外排污水余氯有最高限定值（＜0.5毫升/L），污水在消毒后排放前要進行脫氯處理。四、設備選型 設備選型有兩個方面的選擇一方面是設備型號的確定，另一方面是設備類型的選擇。
設備型號（克/小時）=提升泵的排水量（噸/小時）×每噸污水的有效氯投加量（克/小時）。 規模較小的醫院（200張病床以下）可選用普通二氧化氯發生器（HP）系列，200張病床以上的醫院可選用高效復合二氧化氯發生器（HG），可實現自動化控制。
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